Henk Stunnenberg

Berekend op basis van aantal in Pure opgeslagen publicaties en citaties van Scopus
1978 …2023

Onderzoeksresultaten per jaar

Filter
Artikel

Zoekresultaten

  • 2016

    Histone Methylation by the Kleefstra Syndrome Protein EHMT1 Mediates Homeostatic Synaptic Scaling

    Benevento, M., Iacono, G., Selten, M., Ba, W., Oudakker, A., Frega, M., Keller, J., Mancini, R., Lewerissa, E., Kleefstra, T., Stunnenberg, H. G., Zhou, H., van Bokhoven, H. & Nadif Kasri, N., 20 jul. 2016, In: Neuron. 91, 2, blz. 341-355 15 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    56 Citaten (Scopus)
  • Impairment of DNA Methylation Maintenance Is the Main Cause of Global Demethylation in Naive Embryonic Stem Cells

    von Meyenn, F., Iurlaro, M., Habibi, E., Liu, N. Q., Salehzadeh-Yazdi, A., Santos, F., Petrini, E., Milagre, I., Yu, M., Xie, Z., Kroeze, L. I., Nesterova, T. B., Jansen, J. H., Xie, H., He, C., Reik, W. & Stunnenberg, H. G., 16 jun. 2016, In: Molecular Cell. 62, 6, blz. 848-861 14 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    142 Citaten (Scopus)
  • Information recovery from low coverage whole-genome bisulfite sequencing

    Libertini, E., Heath, S. C., Hamoudi, R. A., Gut, M., Ziller, M. J., Czyz, A., Ruotti, V., Stunnenberg, H. G., Frontini, M., Ouwehand, W. H., Meissner, A., Gut, I. G. & Beck, S., 27 jun. 2016, In: Nature Communications. 7, 11306.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    30 Citaten (Scopus)
  • Landscape of somatic mutations in 560 breast cancer whole-genome sequences

    Nik-Zainal, S., Davies, H., Staaf, J., Ramakrishna, M., Glodzik, D., Zou, X., Martincorena, I., Alexandrov, L. B., Martin, S., Wedge, D. C., Van Loo, P., Ju, Y. S., Smid, M., Brinkman, A. B., Morganella, S., Aure, M. R., Lingjærde, O. C., Langerød, A., Ringnér, M., Ahn, S. M., & 68 anderenBoyault, S., Brock, J. E., Broeks, A., Butler, A., Desmedt, C., Dirix, L., Dronov, S., Fatima, A., Foekens, J. A., Gerstung, M., Hooijer, G. K. J., Jang, S. J., Jones, D. R., Kim, H. Y., King, T. A., Krishnamurthy, S., Lee, H. J., Lee, J. Y., Li, Y., McLaren, S., Menzies, A., Mustonen, V., O'Meara, S., Pauporté, I., Pivot, X., Purdie, C. A., Raine, K., Ramakrishnan, K., Rodríguez-González, F. G., Romieu, G., Sieuwerts, A. M., Simpson, P. T., Shepherd, R., Stebbings, L., Stefansson, O. A., Teague, J., Tommasi, S., Treilleux, I., Van Den Eynden, G. G., Vermeulen, P., Vincent-Salomon, A., Yates, L., Caldas, C., Veer, L. V. T., Tutt, A., Knappskog, S., Tan, B. K. T., Jonkers, J., Borg, Å., Ueno, N. T., Sotiriou, C., Viari, A., Futreal, P. A., Campbell, P. J., Span, P. N., Van Laere, S., Lakhani, S. R., Eyfjord, J. E., Thompson, A. M., Birney, E., Stunnenberg, H. G., Van De Vijver, M. J., Martens, J. W. M., Børresen-Dale, A. L., Richardson, A. L., Kong, G., Thomas, G. & Stratton, M. R., 2 mei 2016, In: Nature. 534, 7605, blz. 47-54 8 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    1489 Citaten (Scopus)
  • Lineage-Specific Genome Architecture Links Enhancers and Non-coding Disease Variants to Target Gene Promoters

    Javierre, B. M., Sewitz, S., Cairns, J., Wingett, S. W., Várnai, C., Thiecke, M. J., Freire-Pritchett, P., Spivakov, M., Fraser, P., Burren, O. S., Cutler, A. J., Todd, J. A., Wallace, C., Wilder, S. P., Kreuzhuber, R., Kostadima, M., Zerbino, D. R., Stegle, O., Burden, F., Farrow, S., & 19 anderenRehnström, K., Downes, K., Grassi, L., Ouwehand, W. H., Frontini, M., Hill, S. M., Wang, F., Stunnenberg, H. G., Martens, J. H., Kim, B., Sharifi, N., Janssen-Megens, E. M., Yaspo, M. L., Linser, M., Kovacsovics, A., Clarke, L., Richardson, D., Datta, A. & Flicek, P., 17 nov. 2016, In: Cell. 167, 5, blz. 1369-1384.e19

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    620 Citaten (Scopus)
  • MEIS2 Is an Oncogenic Partner in AML1-ETO-Positive AML

    Vegi, N. M., Klappacher, J., Oswald, F., Mulaw, M. A., Mandoli, A., Thiel, V. N., Bamezai, S., Feder, K., Martens, J. H. A., Rawat, V. P. S., Mandal, T., Quintanilla-Martinez, L., Spiekermann, K., Hiddemann, W., Döhner, K., Döhner, H., Stunnenberg, H. G., Feuring-Buske, M. & Buske, C., 12 jul. 2016, In: Cell Reports. 16, 2, blz. 498-507 10 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    34 Citaten (Scopus)
  • Non-canonical PRC1.1 Targets Active Genes Independent of H3K27me3 and Is Essential for Leukemogenesis

    van den Boom, V., Maat, H., Geugien, M., Rodríguez López, A., Sotoca, A. M., Jaques, J., Brouwers-Vos, A. Z., Fusetti, F., Groen, R. W. J., Yuan, H., Martens, A. C. M., Stunnenberg, H. G., Vellenga, E., Martens, J. H. A. & Schuringa, J. J., 12 jan. 2016, In: Cell Reports. 14, 2, blz. 332-346 15 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    110 Citaten (Scopus)
  • Recruitment of the mammalian histone-modifying EMSY complex to target genes is regulated by ZNF131

    Varier, R. A., De Santa Pau, E. C., Van Der Groep, P., Lindeboom, R. G. H., Matarese, F., Mensinga, A., Smits, A. H., Edupuganti, R. R., Baltissen, M. P., Jansen, P. W. T. C., Hoeve, N. T., Van Weely, D. R., Poser, I., Van Diest, P. J., Stunnenberg, H. G. & Vermeulen, M., 1 apr. 2016, In: Journal of Biological Chemistry. 291, 14, blz. 7313-7324 12 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    30 Citaten (Scopus)
  • The Allelic Landscape of Human Blood Cell Trait Variation and Links to Common Complex Disease

    Astle, W. J., Elding, H., Jiang, T., Allen, D., Ruklisa, D., Mann, A. L., Mead, D., Bouman, H., Riveros-Mckay, F., Kostadima, M. A., Lambourne, J. J., Sivapalaratnam, S., Downes, K., Kundu, K., Bomba, L., Berentsen, K., Bradley, J. R., Daugherty, L. C., Delaneau, O., Freson, K., & 54 anderenGarner, S. F., Grassi, L., Guerrero, J., Haimel, M., Janssen-Megens, E. M., Kaan, A., Kamat, M., Kim, B., Mandoli, A., Marchini, J., Martens, J. H. A., Meacham, S., Megy, K., O'Connell, J., Petersen, R., Sharifi, N., Sheard, S. M., Staley, J. R., Tuna, S., van der Ent, M., Walter, K., Wang, S. Y., Wheeler, E., Wilder, S. P., Iotchkova, V., Moore, C., Sambrook, J., Stunnenberg, H. G., Di Angelantonio, E., Kaptoge, S., Kuijpers, T. W., Carrillo-de-Santa-Pau, E., Juan, D., Rico, D., Valencia, A., Chen, L., Ge, B., Vasquez, L., Kwan, T., Garrido-Martín, D., Watt, S., Yang, Y., Guigo, R., Beck, S., Paul, D. S., Pastinen, T., Bujold, D., Bourque, G., Frontini, M., Danesh, J., Roberts, D. J., Ouwehand, W. H., Butterworth, A. S. & Soranzo, N., 17 nov. 2016, In: Cell. 167, 5, blz. 1415-1429.e19

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    746 Citaten (Scopus)
  • The Hematopoietic Transcription Factors RUNX1 and ERG Prevent AML1-ETO Oncogene Overexpression and Onset of the Apoptosis Program in t(8;21) AMLs

    Mandoli, A., Singh, A. A., Prange, K. H. M., Tijchon, E., Oerlemans, M., Dirks, R., Ter Huurne, M., Wierenga, A. T. J., Janssen-Megens, E. M., Berentsen, K., Sharifi, N., Kim, B., Matarese, F., Nguyen, L. N., Hubner, N. C., Rao, N. A., van den Akker, E., Altucci, L., Vellenga, E., Stunnenberg, H. G., & 1 anderenMartens, J. H. A., 15 nov. 2016, In: Cell Reports. 17, 8, blz. 2087-2100 14 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    45 Citaten (Scopus)
  • The oncofusion protein FUS-ERG targets key hematopoietic regulators and modulates the all-trans retinoic acid signaling pathway in t(16;21) acute myeloid leukemia

    Sotoca, A. M., Prange, K. H. M., Reijnders, B., Mandoli, A., Nguyen, L. N., Stunnenberg, H. G. & Martens, J. H. A., 14 apr. 2016, In: Oncogene. 35, 15, blz. 1965-1976 12 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    35 Citaten (Scopus)
  • The topography of mutational processes in breast cancer genomes

    Morganella, S., Alexandrov, L. B., Glodzik, D., Zou, X., Davies, H., Staaf, J., Sieuwerts, A. M., Brinkman, A. B., Martin, S., Ramakrishna, M., Butler, A., Kim, H. Y., Borg, Å., Sotiriou, C., Futreal, P. A., Campbell, P. J., Span, P. N., Van Laere, S., Lakhani, S. R., Eyfjord, J. E., & 13 anderenThompson, A. M., Stunnenberg, H. G., Van De Vijver, M. J., Martens, J. W. M., Børresen-Dale, A. L., Richardson, A. L., Kong, G., Thomas, G., Sale, J., Rada, C., Stratton, M. R., Birney, E. & Nik-Zainal, S., 2 mei 2016, In: Nature Communications. 7, 11383.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    194 Citaten (Scopus)
  • Transcriptional Landscape of Human Tissue Lymphocytes Unveils Uniqueness of Tumor-Infiltrating T Regulatory Cells

    De Simone, M., Arrigoni, A., Rossetti, G., Gruarin, P., Ranzani, V., Politano, C., Bonnal, R. J. P., Provasi, E., Sarnicola, M. L., Panzeri, I., Moro, M., Crosti, M., Mazzara, S., Vaira, V., Bosari, S., Palleschi, A., Santambrogio, L., Bovo, G., Zucchini, N., Totis, M., & 11 anderenGianotti, L., Cesana, G., Perego, R. A., Maroni, N., Pisani Ceretti, A., Opocher, E., De Francesco, R., Geginat, J., Stunnenberg, H. G., Abrignani, S. & Pagani, M., 15 nov. 2016, In: Immunity. 45, 5, blz. 1135-1147 13 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    454 Citaten (Scopus)
  • ZMYND8 Co-localizes with NuRD on Target Genes and Regulates Poly(ADP-Ribose)-Dependent Recruitment of GATAD2A/NuRD to Sites of DNA Damage

    Spruijt, C. G., Luijsterburg, M. S., Menafra, R., Lindeboom, R. G. H., Jansen, P. W. T. C., Edupuganti, R. R., Baltissen, M. P., Wiegant, W. W., Voelker-Albert, M. C., Matarese, F., Mensinga, A., Poser, I., Vos, H. R., Stunnenberg, H. G., van Attikum, H. & Vermeulen, M., 11 okt. 2016, In: Cell Reports. 17, 3, blz. 783-798 16 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    81 Citaten (Scopus)
  • β-Glucan Reverses the Epigenetic State of LPS-Induced Immunological Tolerance

    Novakovic, B., Habibi, E., Wang, S. Y., Arts, R. J. W., Davar, R., Megchelenbrink, W., Kim, B., Kuznetsova, T., Kox, M., Zwaag, J., Matarese, F., van Heeringen, S. J., Janssen-Megens, E. M., Sharifi, N., Wang, C., Keramati, F., Schoonenberg, V., Flicek, P., Clarke, L., Pickkers, P., & 6 anderenHeath, S., Gut, I., Netea, M. G., Martens, J. H. A., Logie, C. & Stunnenberg, H. G., 17 nov. 2016, In: Cell. 167, 5, blz. 1354-1368.e14

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    399 Citaten (Scopus)
  • 2015

    A quantitative proteomics tool to identify DNA-protein interactions in primary cells or blood

    Hubner, N. C., Nguyen, L. N., Hornig, N. C. & Stunnenberg, H. G., 6 feb. 2015, In: Journal of Proteome Research. 14, 2, blz. 1315-1329 15 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    28 Citaten (Scopus)
  • Conditional depletion of intellectual disability and Parkinsonism candidate gene ATP6AP2 in fly and mouse induces cognitive impairment and neurodegeneration

    Dubos, A., Castells-Nobau, A., Meziane, H., Oortveld, M. A. W., Houbaert, X., Iacono, G., Martin, C., Mittelhaeuser, C., Lalanne, V., Kramer, J. M., Bhukel, A., Quentin, C., Slabbert, J., Verstreken, P., Sigrist, S. J., Messaddeq, N., Birling, M. C., Selloum, M., Stunnenberg, H. G., Humeau, Y., & 2 anderenSchenck, A. & Herault, Y., 1 dec. 2015, In: Human Molecular Genetics. 24, 23, blz. 6736-6755 20 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    49 Citaten (Scopus)
  • DNA Methylation of the Aryl Hydrocarbon Receptor Repressor Associations with Cigarette Smoking and Subclinical Atherosclerosis

    Reynolds, L. M., Wan, M., Ding, J., Taylor, J. R., Lohman, K., Su, D., Bennett, B. D., Porter, D. K., Gimple, R., Pittman, G. S., Wang, X., Howard, T. D., Siscovick, D., Psaty, B. M., Shea, S., Burke, G. L., Jacobs, D. R., Rich, S. S., Hixson, J. E., Stein, J. H., & 8 anderenStunnenberg, H., Barr, R. G., Kaufman, J. D., Post, W. S., Hoeschele, I., Herrington, D. M., Bell, D. A. & Liu, Y., 1 okt. 2015, In: Circulation: Cardiovascular Genetics. 8, 5, blz. 707-716 10 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    98 Citaten (Scopus)
  • DNA methylome analysis in Burkitt and follicular lymphomas identifies differentially methylated regions linked to somatic mutation and transcriptional control

    Kretzmer, H., Bernhart, S. H., Wang, W., Haake, A., Weniger, M. A., Bergmann, A. K., Betts, M. J., Carrillo-de-Santa-Pau, E., Doose, G., Gutwein, J., Richter, J., Hovestadt, V., Huang, B., Rico, D., Jühling, F., Kolarova, J., Lu, Q., Otto, C., Wagener, R., Arnolds, J., & 40 anderenBurkhardt, B., Claviez, A., Drexler, H. G., Eberth, S., Eils, R., Flicek, P., Haas, S., Hummel, M., Karsch, D., Kerstens, H. H. D., Klapper, W., Kreuz, M., Lawerenz, C., Lenze, D., Loeffler, M., López, C., MacLeod, R. A. F., Martens, J. H. A., Kulis, M., Martín-Subero, J. I., Möller, P., Nagel, I., Picelli, S., Vater, I., Rohde, M., Rosenstiel, P., Rosolowski, M., Russell, R. B., Schilhabel, M., Schlesner, M., Stadler, P. F., Szczepanowski, M., Trümper, L., Stunnenberg, H. G., Küppers, R., Ammerpohl, O., Lichter, P., Siebert, R., Hoffmann, S. & Radlwimmer, B., 1 nov. 2015, In: Nature Genetics. 47, 11, blz. 1316-1325 10 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    109 Citaten (Scopus)
  • Dynamic Reorganization of Extremely Long-Range Promoter-Promoter Interactions between Two States of Pluripotency

    Joshi, O., Wang, S. Y., Kuznetsova, T., Atlasi, Y., Peng, T., Fabre, P. J., Habibi, E., Shaik, J., Saeed, S., Handoko, L., Richmond, T., Spivakov, M., Burgess, D. & Stunnenberg, H. G., 3 dec. 2015, In: Cell Stem Cell. 17, 6, blz. 748-757 10 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    145 Citaten (Scopus)
  • Dynamics of gene silencing during X inactivation using allele-specific RNA-seq

    Marks, H., Kerstens, H. H. D., Barakat, T. S., Splinter, E., Dirks, R. A. M., van Mierlo, G., Joshi, O., Wang, S. Y., Babak, T., Albers, C. A., Kalkan, T., Smith, A., Jouneau, A., de Laat, W., Gribnau, J. & Stunnenberg, H. G., 3 aug. 2015, In: Genome Biology. 16, 1, 149.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    82 Citaten (Scopus)
  • Epigenome data release: A participant-centered approach to privacy protection

    Dyke, S. O. M., Cheung, W. A., Joly, Y., Ammerpohl, O., Lutsik, P., Rothstein, M. A., Caron, M., Busche, S., Bourque, G., Rönnblom, L., Flicek, P., Beck, S., Hirst, M., Stunnenberg, H., Siebert, R., Walter, J. & Pastinen, T., 17 jul. 2015, In: Genome Biology. 16, 1, 142.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    33 Citaten (Scopus)
  • Epigenomics: Roadmap for regulation

    Romanoski, C. E., Glass, C. K., Stunnenberg, H. G., Wilson, L. & Almouzni, G., 19 feb. 2015, In: Nature. 518, 7539, blz. 314-316 3 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    163 Citaten (Scopus)
  • Genome-wide modeling of transcription kinetics reveals patterns of RNA production delays

    Honkela, A., Peltonen, J., Topa, H., Charapitsa, I., Matarese, F., Grote, K., Stunnenberg, H. G., Reid, G., Lawrence, N. D. & Rattray, M., 20 okt. 2015, In: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 112, 42, blz. 13115-13120 6 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    66 Citaten (Scopus)
  • Glucocorticoid receptor and nuclear factor kappa-b affect three-dimensional chromatin organization

    Kuznetsova, T., Wang, S. Y., Rao, N. A., Mandoli, A., Martens, J. H. A., Rother, N., Aartse, A., Groh, L., Janssen-Megens, E. M., Li, G., Ruan, Y., Logie, C. & Stunnenberg, H. G., 1 dec. 2015, In: Genome Biology. 16, 1, 264.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    41 Citaten (Scopus)
  • MINCR is a MYC-induced lncRNA able to modulate MYC's transcriptional network in Burkitt lymphoma cells

    Doose, G., Haake, A., Bernhart, S. H., López, C., Duggimpudi, S., Wojciech, F., Bergmann, A. K., Borkhardt, A., Burkhardt, B., Claviez, A., Dimitrova, L., Haas, S., Hoell, J. I., Hummel, M., Karsch, D., Klapper, W., Kleo, K., Kretzmer, H., Kreuz, M., Küppers, R., & 22 anderenLawerenz, C., Lenze, D., Loeffler, M., Mantovani-Löffler, L., Möller, P., Ott, G., Richter, J., Rohde, M., Rosenstiel, P., Rosenwald, A., Schilhabel, M., Schneider, M., Scholz, I., Stilgenbauer, S., Stunnenberg, H. G., Szczepanowski, M., Trümper, L., Weniger, M. A., Hoffmann, S., Siebert, R., Iaccarino, I. & Eisenman, R. N., 22 sep. 2015, In: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 112, 38, blz. E5261-E5270

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    90 Citaten (Scopus)
  • Non-coding recurrent mutations in chronic lymphocytic leukaemia

    Puente, X. S., Beà, S., Valdés-Mas, R., Villamor, N., Gutiérrez-Abril, J., Martín-Subero, J. I., Munar, M., Rubio-Pérez, C., Jares, P., Aymerich, M., Baumann, T., Beekman, R., Belver, L., Carrio, A., Castellano, G., Clot, G., Colado, E., Colomer, D., Costa, D., Delgado, J., & 37 anderenEnjuanes, A., Estivill, X., Ferrando, A. A., Gelpí, J. L., González, B., González, S., González, M., Gut, M., Hernández-Rivas, J. M., López-Guerra, M., Martín-García, D., Navarro, A., Nicolás, P., Orozco, M., Payer, Á. R., Pinyol, M., Pisano, D. G., Puente, D. A., Queirós, A. C., Quesada, V., Romeo-Casabona, C. M., Royo, C., Royo, R., Rozman, M., Russiñol, N., Salaverría, I., Stamatopoulos, K., Stunnenberg, H. G., Tamborero, D., Terol, M. J., Valencia, A., López-Bigas, N., Torrents, D., Gut, I., López-Guillermo, A., López-Otín, C. & Campo, E., 22 okt. 2015, In: Nature. 526, 7574, blz. 519-524 6 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    667 Citaten (Scopus)
  • Transcription factor p63 bookmarks and regulates dynamic enhancers during epidermal differentiation

    Kouwenhoven, E. N., Oti, M., Niehues, H., Van Heeringen, S. J., Schalkwijk, J., Stunnenberg, H. G., Van Bokhoven, H. & Zhou, H., 1 jul. 2015, In: EMBO Reports. 16, 7, blz. 863-878 16 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    112 Citaten (Scopus)
  • Whole-epigenome analysis in multiple myeloma reveals DNA hypermethylation of B cell-specific enhancers

    Agirre, X., Castellano, G., Pascual, M., Heath, S., Kulis, M., Segura, V., Bergmann, A., Esteve, A., Merkel, A., Raineri, E., Agueda, L., Blanc, J., Richardson, D., Clarke, L., Datta, A., Russiñol, N., Queirós, A. C., Beekman, R., Rodríguez-Madoz, J. R., José-Enériz, E. S., & 18 anderenFang, F., Gutiérrez, N. C., García-Verdugo, J. M., Robson, M. I., Schirmer, E. C., Guruceaga, E., Martens, J. H. A., Gut, M., Calasanz, M. J., Flicek, P., Siebert, R., Campo, E., San Miguel, J. F., Melnick, A., Stunnenberg, H. G., Gut, I. G., Prosper, F. & Martín-Subero, J. I., 1 apr. 2015, In: Genome Research. 25, 4, blz. 478-487 10 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    105 Citaten (Scopus)
  • Whole-genome fingerprint of the DNA methylome during human B cell differentiation

    Kulis, M., Merkel, A., Heath, S., Queirós, A. C., Schuyler, R. P., Castellano, G., Beekman, R., Raineri, E., Esteve, A., Clot, G., Verdaguer-Dot, N., Duran-Ferrer, M., Russiñol, N., Vilarrasa-Blasi, R., Ecker, S., Pancaldi, V., Rico, D., Agueda, L., Blanc, J., Richardson, D., & 22 anderenClarke, L., Datta, A., Pascual, M., Agirre, X., Prosper, F., Alignani, D., Paiva, B., Caron, G., Fest, T., Muench, M. O., Fomin, M. E., Lee, S. T., Wiemels, J. L., Valencia, A., Gut, M., Flicek, P., Stunnenberg, H. G., Siebert, R., Küppers, R., Gut, I. G., Campo, E. & Martín-Subero, J. I., 26 jun. 2015, In: Nature Genetics. 47, 7, blz. 746-756 11 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    242 Citaten (Scopus)
  • 2014

    A comprehensive evaluation of rodent malaria parasite genomes and gene expression

    Otto, T. D., Böhme, U., Jackson, A. P., Hunt, M., Franke-Fayard, B., Hoeijmakers, W. A. M., Religa, A. A., Robertson, L., Sanders, M., Ogun, S. A., Cunningham, D., Erhart, A., Billker, O., Khan, S. M., Stunnenberg, H. G., Langhorne, J., Holder, A. A., Waters, A. P., Newbold, C. I., Pain, A., & 2 anderenBerriman, M. & Janse, C. J., 2014, In: BMC Medicine. 12, 1, 86.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    195 Citaten (Scopus)
  • Age-related variations in the methylome associated with gene expression in human monocytes and T cells

    Reynolds, L. M., Taylor, J. R., Ding, J., Lohman, K., Johnson, C., Siscovick, D., Burke, G., Post, W., Shea, S., Jacobs, D. R., Stunnenberg, H., Kritchevsky, S. B., Hoeschele, I., McCall, C. E., Herrington, D. M., Tracy, R. P. & Liu, Y., 2014, In: Nature Communications. 5, 5366.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    131 Citaten (Scopus)
  • Analysis of Chromatin–Nuclear Receptor Interactions by Laser-Chromatin Immunoprecipitation

    Benedetti, R., Conte, M., Carafa, V., Ventura, B. D., Altucci, C., Velotta, R., Stunnenberg, H. G., Altucci, L. & Nebbioso, A., 2014, In: Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). 1204, blz. 25-34 10 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    2 Citaten (Scopus)
  • A polymorphic enhancer near GREM1 influences bowel cancer risk through differential CDX2 and TCF7L2 binding

    Lewis, A., Freeman-Mills, L., delaCalle-Mustienes, E., Giráldez-Pérez, R. M., Davis, H., Jaeger, E., Becker, M., Hubner, N. C., Nguyen, L. N., Zeron-Medina, J., Bond, G., Stunnenberg, H. G., Carvajal, J. J., Gomez-Skarmeta, J. L., Leedham, S. & Tomlinson, I., 21 aug. 2014, In: Cell Reports. 8, 4, blz. 983-990 8 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    41 Citaten (Scopus)
  • CBFB-MYH11/RUNX1 together with a compendium of hematopoietic regulators, chromatin modifiers and basal transcription factors occupies self-renewal genes in inv(16) acute myeloid leukemia

    Mandoli, A., Singh, A. A., Jansen, P. W. T. C., Wierenga, A. T. J., Riahi, H., Franci, G., Prange, K., Saeed, S., Vellenga, E., Vermeulen, M., Stunnenberg, H. G. & Martens, J. H. A., apr. 2014, In: Leukemia. 28, 4, blz. 770-778 9 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    68 Citaten (Scopus)
  • Context-selective death of acute myeloid leukemia cells triggered by the novel hybrid retinoid-HDAC inhibitor MC2392

    De Bellis, F., Carafa, V., Conte, M., Rotili, D., Petraglia, F., Matarese, F., Françoijs, K. J., Ablain, J., Valente, S., Castellano, R., Goubard, A., Collette, Y., Mandoli, A., Martens, J. H. A., De Thé, H., Nebbioso, A., Mai, A., Stunnenberg, H. G. & Altucci, L., 15 apr. 2014, In: Cancer Research. 74, 8, blz. 2328-2339 12 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    33 Citaten (Scopus)
  • Dual promoter usage as regulatory mechanism of let-7c expression in leukemic and solid tumors

    Pelosi, A., Careccia, S., Sagrestani, G., Nanni, S., Manni, I., Schinzari, V., Martens, J. H. A., Farsetti, A., Stunnenberg, H. G., Gentileschi, M. P., Del Bufalo, D., De Maria, R., Piaggio, G. & Rizzo, M. G., jun. 2014, In: Molecular Cancer Research. 12, 6, blz. 878-889 12 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    13 Citaten (Scopus)
  • Epigenetic programming of monocyte-to-macrophage differentiation and trained innate immunity

    Saeed, S., Quintin, J., Kerstens, H. H. D., Rao, N. A., Aghajanirefah, A., Matarese, F., Cheng, S. C., Ratter, J., Berentsem, K., Van Der Ent, M. A., Sharifi, N., Jamssern-Megens, E. M., Ter Huurne, M., Mandoli, A., Van Schaik, T., Ng, A., Burden, F., Downes, K., Frontini, M., Kumar, V., & 10 anderenGiamarellos-Bourboulis, E. J., Ouwehand, W. H., Van Der Meer, J. W. M., Joosten, L. A. B., Wijmenga, C., Martens, J. H. A., Xavier, R. J., Logie, C., Netea, M. G. & Stunnenberg, H. G., 26 sep. 2014, In: Science. 345, 6204, 1251086.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    1137 Citaten (Scopus)
  • Genome-wide binding of MBD2 reveals strong preference for highly methylated loci

    Menafra, R., Brinkman, A. B., Matarese, F., Franci, G., Bartels, S. J. J., Nguyen, L., Shimbo, T., Wade, P. A., Hubner, N. C. & Stunnenberg, H. G., 13 jun. 2014, In: PLoS ONE. 9, 6, e99603.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    38 Citaten (Scopus)
  • Inference of RNA Polymerase II Transcription Dynamics from Chromatin Immunoprecipitation Time Course Data

    wa Maina, C., Honkela, A., Matarese, F., Grote, K., Stunnenberg, H. G., Reid, G., Lawrence, N. D. & Rattray, M., mei 2014, In: PLoS Computational Biology. 10, 5, e1003598.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    19 Citaten (Scopus)
  • Mll2 is required for H3K4 trimethylation on bivalent promoters in embryonic stem cells, whereas Mll1 is redundant

    Denissov, S., Hofemeister, H., Marks, H., Kranz, A., Ciotta, G., Singh, S., Anastassiadis, K., Stunnenberg, H. G. & Stewart, A. F., jan. 2014, In: Development. 141, 3, blz. 526-537 12 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    193 Citaten (Scopus)
  • mTOR- and HIF-1α-mediated aerobic glycolysis as metabolic basis for trained immunity

    Cheng, S. C., Quintin, J., Cramer, R. A., Shepardson, K. M., Saeed, S., Kumar, V., Giamarellos-Bourboulis, E. J., Martens, J. H. A., Rao, N. A., Aghajanirefah, A., Manjeri, G. R., Li, Y., Ifrim, D. C., Arts, R. J. W., Van Der Meer, B. M. J. W., Deen, P. M. T., Logie, C., O'Neill, L. A., Willems, P., Van De Veerdonk, F. L., & 7 anderenVan Der Meer, J. W. M., Ng, A., Joosten, L. A. B., Wijmenga, C., Stunnenberg, H. G., Xavier, R. J. & Netea, M. G., 7 nov. 2014, In: Science. 345, 6204, 1250684.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    1313 Citaten (Scopus)
  • Otx2 and Oct4 Drive Early Enhancer Activation during Embryonic Stem Cell Transition from Naive Pluripotency

    Yang, S. H., Kalkan, T., Morissroe, C., Marks, H., Stunnenberg, H., Smith, A. & Sharrocks, A. D., 26 jun. 2014, In: Cell Reports. 7, 6, blz. 1968-1981 14 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    99 Citaten (Scopus)
  • Processed pseudogenes acquired somatically during cancer development

    Cooke, S. L., Shlien, A., Marshall, J., Pipinikas, C. P., Martincorena, I., Tubio, J. M. C., Li, Y., Menzies, A., Mudie, L., Ramakrishna, M., Yates, L., Davies, H., Bolli, N., Bignell, G. R., Tarpey, P. S., Behjati, S., Nik-Zainal, S., Papaemmanuil, E., Teixeira, V. H., Raine, K., & 72 anderenOameara, S., Dodoran, M. S., Teague, J. W., Butler, A. P., Iacobuzio-Donahue, C., Santarius, T., Grundy, R. G., Malkin, D., Greaves, M., Munshi, N., Flanagan, A. M., Bowtell, D., Martin, S., Larsimont, D., Reis-Filho, J. S., Boussioutas, A., Taylor, J. A., Hayes, N. D., Janes, S. M., Futreal, P. A., Stratton, M. R., McDermott, U., Campbell, P. J., Provenzano, E., van de Vijver, M., Richardson, A. L., Purdie, C., Pinder, S., Grogan, G. M., Vincent-Salomon, A., Larsimont, D., Grabau, D., Sauer, T., Garred, Ø., Ehinger, A., Van den Eynden, G. G., van Deurzen, C. H. M., Salgado, R., Brock, J. E., Lakhani, S. R., Giri, D. D., Arnould, L., Jacquemier, J., Treilleux, I., Caldas, C., Chin, S. F., Fatima, A., Thompson, A. M., Stenhouse, A., Foekens, J., Martens, J., Sieuwerts, A., Brinkman, A., Stunnenberg, H., Span, P. N., Sweep, F., Desmedt, C., Sotiriou, C., Thomas, G., Broeks, A., Langerod, A., Aparicio, S., Simpson, P. T., van ’t Veer, L., Eyfjord, J. E., Hilmarsdottir, H., Jonasson, J. G., Børresen-Dale, A. L., Ta Michael Lee, M., Wong, B. H., Tee Tan, B. K. & Hooijer, G. K. J., 9 apr. 2014, In: Nature Communications. 5, 3644.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    73 Citaten (Scopus)
  • Regulation of DNA methylation patterns by CK2-mediated phosphorylation of Dnmt3a

    Deplus, R., Blanchon, L., Rajavelu, A., Boukaba, A., Defrance, M., Luciani, J., Rothé, F., Dedeurwaerder, S., Denis, H., Brinkman, A. B., Simmer, F., Müller, F., Bertin, B., Berdasco, M., Putmans, P., Calonne, E., Litchfield, D. W., De Launoit, Y., Jurkowski, T. P., Stunnenberg, H. G., & 6 anderenBock, C., Sotiriou, C., Fraga, M. F., Esteller, M., Jeltsch, A. & Fuks, F., 7 aug. 2014, In: Cell Reports. 8, 3, blz. 743-753 11 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    63 Citaten (Scopus)
  • Relationship between genome and epigenome - challenges and requirements for future research

    Almouzni, G., Altucci, L., Amati, B., Ashley, N., Baulcombe, D., Beaujean, N., Bock, C., Bongcam-Rudloff, E., Bousquet, J., Braun, S., Paillerets, B. B. D., Bussemakers, M., Clarke, L., Conesa, A., Estivill, X., Fazeli, A., Grgurević, N., Gut, I., Heijmans, B. T., Hermouet, S., & 41 anderenHouwing-Duistermaat, J., Iacobucci, I., Ilaš, J., Kandimalla, R., Krauss-Etschmann, S., Lasko, P., Lehmann, S., Lindroth, A., Majdič, G., Marcotte, E., Martinelli, G., Martinet, N., Meyer, E., Miceli, C., Mills, K., Moreno-Villanueva, M., Morvan, G., Nickel, D., Niesler, B., Nowacki, M., Nowak, J., Ossowski, S., Pelizzola, M., Pochet, R., Potočnik, U., Radwanska, M., Raes, J., Rattray, M., Robinson, M. D., Roelen, B., Sauer, S., Schinzer, D., Slagboom, E., Spector, T., Stunnenberg, H. G., Tiligada, E., Torres-Padilla, M. E., Tsonaka, R., Soom, A. V., Vidaković, M. & Widschwendter, M., 18 jun. 2014, In: BMC Genomics. 15, 1, 487.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    25 Citaten (Scopus)
  • Stable methylation at promoters distinguishes epiblast stem cells from embryonic stem cells and the in vivo epiblasts

    Veillard, A. C., Marks, H., Bernardo, A. S., Jouneau, L., Laloë, D., Boulanger, L., Kaan, A., Brochard, V., Tosolini, M., Pedersen, R., Stunnenberg, H. & Jouneau, A., 1 sep. 2014, In: Stem Cells and Development. 23, 17, blz. 2014-2029 16 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    26 Citaten (Scopus)
  • Transcriptional diversity during lineage commitment of human blood progenitors

    Clien, L., Kostadraia, M., Martens, J. H. A., Canu, G., Garcia, S. P., Torro, E., Downes, K., Macaolay, L. C., Bielczyk-Maezynska, E., Coe, S., Farrow, S., Poudel, P., Borden, F., Jansen, S. B. G., Astle, W. J., Attwood, A., Bariana, T., De Bono, B., Bresechi, A., Chambers, J. C., & 46 anderenChoudry, F. A., Clarke, L., Coupland, P., Van Der Ent, M., Erber, W. N., Jansen, J. H., Favier, R., Fenech, M. E., Foad, N., Freson, K., Van Geet, C., Gomez, K., Guigo, R., Hampshire, D., Kelly, A. M., Kerstens, H. H. D., Kooner, J. S., Laffan, M., Lentaigne, C., Labalette, C., Martin, T., Meaeham, S., Mumford, A., Nuiirnberg, S., Palumbo, E., Van Der Reijden, B. A., Richardson, D., Sammut, S. J., Slodkowicz, G., Tamuri, A. U., Vasquez, L., Voss, K., Watt, S., Westbury, S., Flicek, P., Loos, R., Goldman, N., Bertone, P., Read, R. J., Richardson, S., Cvejic, A., Soranzo, N., Onwehand, W. H., Stunnenberg, H. G., Frontini, M. & Rendon, A., 26 sep. 2014, In: Science. 345, 6204, 1251033.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    209 Citaten (Scopus)
  • 2013

    De novo mutations in the genome organizer CTCF cause intellectual disability

    Gregor, A., Oti, M., Kouwenhoven, E. N., Hoyer, J., Sticht, H., Ekici, A. B., Kjaergaard, S., Rauch, A., Stunnenberg, H. G., Uebe, S., Vasileiou, G., Reis, A., Zhou, H. & Zweier, C., 11 jul. 2013, In: American Journal of Human Genetics. 93, 1, blz. 124-131 8 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    120 Citaten (Scopus)
  • Dynamic binding of RBPJ is determined by notch signaling status

    Castel, D., Mourikis, P., Bartels, S. J. J., Brinkman, A. B., Tajbakhsh, S. & Stunnenberg, H. G., 1 mei 2013, In: Genes and Development. 27, 9, blz. 1059-1071 13 blz.

    Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftArtikelpeer review

    Open Access
    188 Citaten (Scopus)