Ruben van Boxtel

2025

Predisposition Footprints in the Somatic Genome of Wilms Tumors

Treger, T. D., Wegert, J., Wenger, A., Coorens, T. H. H., Al-Saadi, R., Kemps, P. G., Kennedy, J., Parks, C., Anderson, N. D., Hodder, A., Letunovska, A., Jung, H., Ogbonnah, T., Trinh, M. K., Lee-Six, H., Morcrette, G., van den Heuvel-Eibrink, M. M., Drost, J., van Boxtel, R. & Bertrums, E. J. M. & 15 anderen, Goemans, B. F., Antoniou, E., Reinhardt, D., Streitenberger, H., Ziegler, B., Bartram, J., Hutchinson, J. C., Vujanic, G. M., Vokuhl, C., Chowdhury, T., Furtwängler, R., Graf, N., Pritchard-Jones, K., Gessler, M. & Behjati, S., 7 feb. 2025, In: Cancer discovery. 15, 2, blz. 286-298 13 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

2024

Recapitulating the adenoma-carcinoma sequence by selection of four spontaneous oncogenic mutations in mismatch-repair-deficient human colon organoids

Mizutani, T., Boretto, M., Lim, S., Drost, J., González, D. M., Oka, R., Geurts, M. H., Begthel, H., Korving, J., van Es, J. H., van Boxtel, R. & Clevers, H., dec. 2024, In: Nature Cancer. 5, 12, blz. 1852-1867 16 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

Single-cell RNA sequencing of pediatric Hodgkin lymphoma to study the inhibition of T cell subtypes

de Kanter, J. K., Steemers, A. S., Gonzalez, D. M., van Ineveld, R. L., Blijleven, C., Groenen, N., Trabut, L., Scheijde-Vermeulen, M. A., Westera, L., Beishuizen, A., Rios, A. C., Holstege, F. C. P., Brandsma, A. M., Margaritis, T., van Boxtel, R. & Meyer-Wentrup, F., jan. 2024, In: HemaSphere. 8, 9, blz. e149

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

2023

Comprehensive single-cell genome analysis at nucleotide resolution using the PTA Analysis Toolbox

Middelkamp, S., Manders, F., Peci, F., van Roosmalen, M. J., González, D. M., Bertrums, E. J. M., van der Werf, I., Derks, L. L. M., Groenen, N. M., Verheul, M., Trabut, L., Pleguezuelos-Manzano, C., Brandsma, A. M., Antoniou, E., Reinhardt, D., Bierings, M., Belderbos, M. E. & van Boxtel, R., 13 sep. 2023, In: Cell genomics. 3, 9, blz. 100389

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

One-step generation of tumor models by base editor multiplexing in adult stem cell-derived organoids

Geurts, M. H., Gandhi, S., Boretto, M. G., Akkerman, N., Derks, L. L. M., van Son, G., Celotti, M., Harshuk-Shabso, S., Peci, F., Begthel, H., Hendriks, D., Schürmann, P., Andersson-Rolf, A., Chuva de Sousa Lopes, S. M., van Es, J. H., van Boxtel, R. & Clevers, H., 17 aug. 2023, In: Nature communications. 14, 1, blz. 4998

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

2022

Colon Tumors in Enterotoxigenic Bacteroides fragilis (ETBF)-Colonized Mice Do Not Display a Unique Mutational Signature but Instead Possess Host-Dependent Alterations in the APC Gene

Allen, J., Rosendahl Huber, A., Pleguezuelos-Manzano, C., Puschhof, J., Wu, S., Wu, X., Boot, C., Saftien, A., O'Hagan, H. M., Wang, H., van Boxtel, R., Clevers, H. & Sears, C. L., 29 jun. 2022, In: Microbiology spectrum. 10, 3, blz. e0105522

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

22 Citaten (Scopus)

Different responses to DNA damage determine ageing differences between organs

Vougioukalaki, M., Demmers, J., Vermeij, W. P., Baar, M., Bruens, S., Magaraki, A., Kuijk, E., Jager, M., Merzouk, S., Brandt, R. M. C., Kouwenberg, J., van Boxtel, R., Cuppen, E., Pothof, J. & Hoeijmakers, J. H. J., 1 apr. 2022, In: Aging cell. 21, 4, blz. e13562

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

22 Citaten (Scopus)

Efficient and error-free fluorescent gene tagging in human organoids without double-strand DNA cleavage

Bollen, Y., Hageman, J. H., van Leenen, P., Derks, L. L. M., Ponsioen, B., Buissant des Amorie, J. R., Verlaan-Klink, I., van den Bos, M., Terstappen, L. W. M. M., van Boxtel, R. & Snippert, H. J. G., jan. 2022, In: PLoS biology. 20, 1, blz. e3001527

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

12 Citaten (Scopus)

Elevated mutational age in blood of children treated for cancer contributes to therapy-related myeloid neoplasms

Bertrums, E. J. M., Rosendahl Huber, A. K. M., de Kanter, J. K., Brandsma, A. M., van Leeuwen, A. J. C. N., Verheul, M., van den Heuvel-Eibrink, M. M., Oka, R., van Roosmalen, M. J., de Groot-Kruseman, H. A., Zwaan, C. M., Goemans, B. F. & van Boxtel, R., 1 aug. 2022, In: Cancer discovery. 12, 8, blz. 1860-1872 13 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

21 Citaten (Scopus)

Human induced pluripotent stem cells display a similar mutation burden as embryonic pluripotent cells in vivo

Hasaart, K. A. L., Manders, F., Ubels, J., Verheul, M., van Roosmalen, M. J., Groenen, N. M., Oka, R., Kuijk, E., Lopes, S. M. C. D. S. & Boxtel, R. V., 18 feb. 2022, In: iScience. 25, 2, 103736.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

7 Citaten (Scopus)

Mesenchymal tumor organoid models recapitulate rhabdomyosarcoma subtypes

Meister, M. T., Groot Koerkamp, M. J. A., de Souza, T., Breunis, W. B., Frazer-Mendelewska, E., Brok, M., DeMartino, J., Manders, F., Calandrini, C., Kerstens, H. H. D., Janse, A., Dolman, M. E. M., Eising, S., Langenberg, K. P. S., van Tuil, M., Knops, R. R. G., van Scheltinga, S. T., Hiemcke-Jiwa, L. S., Flucke, U. & Merks, J. H. M. & 9 anderen, van Noesel, M. M., Tops, B. B. J., Hehir-Kwa, J. Y., Kemmeren, P., Molenaar, J. J., van de Wetering, M., van Boxtel, R., Drost, J. & Holstege, F. C. P., 10 okt. 2022, In: EMBO molecular medicine. 14, 10, blz. e16001 e16001.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

30 Citaten (Scopus)

Mutation accumulation in mtDNA of cancers resembles mutagenesis in normal stem cells

Manders, F., van Dinter, J. & van Boxtel, R., 22 dec. 2022, In: iScience. 25, 12, blz. 105610 105610.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

2 Citaten (Scopus)

MutationalPatterns: the one stop shop for the analysis of mutational processes

Manders, F., Brandsma, A. M., de Kanter, J., Verheul, M., Oka, R., van Roosmalen, M. J., van der Roest, B., van Hoeck, A., Cuppen, E. & van Boxtel, R., 15 feb. 2022, In: BMC genomics. 23, 1, blz. 134

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

87 Citaten (Scopus)

Sister chromatid exchanges induced by perturbed replication can form independently of BRCA1, BRCA2 and RAD51

Heijink, A. M., Stok, C., Porubsky, D., Manolika, E. M., de Kanter, J. K., Kok, Y. P., Everts, M., de Boer, H. R., Audrey, A., Bakker, F. J., Wierenga, E., Tijsterman, M., Guryev, V., Spierings, D. C. J., Knipscheer, P., van Boxtel, R., Ray Chaudhuri, A., Lansdorp, P. M. & van Vugt, M. A. T. M., 7 nov. 2022, In: Nature Communications. 13, 1, blz. 6722 6722.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

21 Citaten (Scopus)

Whole-genome sequencing and mutational analysis of human cord-blood derived stem and progenitor cells

Rosendahl Huber, A., van Leeuwen, A. J. C. N., Peci, F., de Kanter, J. K., Bertrums, E. J. M. & van Boxtel, R., 17 jun. 2022, In: STAR protocols. 3, 2, blz. 101361 101361.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

3 Citaten (Scopus)

2021

Antiviral treatment causes a unique mutational signature in cancers of transplantation recipients

de Kanter, J. K., Peci, F., Bertrums, E., Rosendahl Huber, A., van Leeuwen, A., van Roosmalen, M. J., Manders, F., Verheul, M., Oka, R., Brandsma, A. M., Bierings, M., Belderbos, M. & van Boxtel, R., 7 okt. 2021, In: Cell stem cell. 28, 10, blz. 1726-1739.e6

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

29 Citaten (Scopus)

Defects in 8-oxo-guanine repair pathway cause high frequency of C > A substitutions in neuroblastoma

van den Boogaard, M. L., Oka, R., Hakkert, A., Schild, L., Ebus, M. E., van Gerven, M. R., Zwijnenburg, D. A., Molenaar, P., Hoyng, L. L., Dolman, M. E. M., Essing, A. H. W., Koopmans, B., Helleday, T., Drost, J., van Boxtel, R., Versteeg, R., Koster, J. & Molenaar, J. J., 7 sep. 2021, In: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 118, 36, e2007898118.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

13 Citaten (Scopus)

Evaluating CRISPR-based prime editing for cancer modeling and CFTR repair in organoids

Geurts, M. H., de Poel, E., Pleguezuelos-Manzano, C., Oka, R., Carrillo, L., Andersson-Rolf, A., Boretto, M., Brunsveld, J. E., van Boxtel, R., Beekman, J. M. & Clevers, H., okt. 2021, In: Life science alliance. 4, 10, e202000940.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

89 Citaten (Scopus)

In vivo adenine base editing of PCSK9 in macaques reduces LDL cholesterol levels

Rothgangl, T., Dennis, M. K., Lin, P. J. C., Oka, R., Witzigmann, D., Villiger, L., Qi, W., Hruzova, M., Kissling, L., Lenggenhager, D., Borrelli, C., Egli, S., Frey, N., Bakker, N., Walker, J. A., Kadina, A. P., Victorov, D. V., Pacesa, M., Kreutzer, S. & Kontarakis, Z. & 12 anderen, Moor, A., Jinek, M., Weissman, D., Stoffel, M., van Boxtel, R., Holden, K., Pardi, N., Thöny, B., Häberle, J., Tam, Y. K., Semple, S. C. & Schwank, G., aug. 2021, In: Nature biotechnology. 39, 8, blz. 949-957 9 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

248 Citaten (Scopus)

In vivo cytidine base editing of hepatocytes without detectable off-target mutations in RNA and DNA

Villiger, L., Rothgangl, T., Witzigmann, D., Oka, R., Lin, P. J. C., Qi, W., Janjuha, S., Berk, C., Ringnalda, F., Beattie, M. B., Stoffel, M., Thöny, B., Hall, J., Rehrauer, H., van Boxtel, R., Tam, Y. K., Schwank, G. & Ringnalda, F., feb. 2021, In: Nature biomedical engineering. 5, 2, blz. 179-189 11 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

78 Citaten (Scopus)

Molecular characterization of Barrett's esophagus at single-cell resolution

Busslinger, G. A., de Barbanson, B., Oka, R., Weusten, B. L. A., de Maat, M., van Hillegersberg, R., Brosens, L. A. A., van Boxtel, R., van Oudenaarden, A. & Clevers, H., 23 nov. 2021, In: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 118, 47

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

13 Citaten (Scopus)

Mutation signatures of pediatric acute myeloid leukemia and normal blood progenitors associated with differential patient outcomes

Brandsma, A. M., Bertrums, E. J. M., van Roosmalen, M. J., Hofman, D. A., Oka, R., Verheul, M., Manders, F., Ubels, J., Belderbos, M. E. & van Boxtel, R., sep. 2021, In: Blood cancer discovery. 2, 5, blz. 484-499 16 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

Patient-derived organoids model cervical tissue dynamics and viral oncogenesis in cervical cancer

Lõhmussaar, K., Oka, R., Espejo Valle-Inclan, J., Smits, M. H. H., Wardak, H., Korving, J., Begthel, H., Proost, N., van de Ven, M., Kranenburg, O. W., Jonges, T. G. N., Zweemer, R. P., Veersema, S., van Boxtel, R. & Clevers, H., 5 aug. 2021, In: Cell Stem Cell. 28, 8, blz. 1380-1396.e6

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

135 Citaten (Scopus)

Precancerous liver diseases do not cause increased mutagenesis in liver stem cells

Nguyen, L., Jager, M., Lieshout, R., de Ruiter, P. E., Locati, M. D., Besselink, N., van der Roest, B., Janssen, R., Boymans, S., de Jonge, J., IJzermans, J. N. M., Doukas, M., Verstegen, M. M. A., van Boxtel, R., van der Laan, L. J. W., Cuppen, E. & Kuijk, E., 18 nov. 2021, In: Communications biology. 4, 1, blz. 1301

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

8 Citaten (Scopus)

The mutational landscape of human somatic and germline cells

Moore, L., Cagan, A., Coorens, T. H. H., Neville, M. D. C., Sanghvi, R., Sanders, M. A., Oliver, T. R. W., Leongamornlert, D., Ellis, P., Noorani, A., Mitchell, T. J., Butler, T. M., Hooks, Y., Warren, A. Y., Jorgensen, M., Dawson, K. J., Menzies, A., O'Neill, L., Latimer, C. & Teng, M. & 8 anderen, van Boxtel, R., Iacobuzio-Donahue, C. A., Martincorena, I., Heer, R., Campbell, P. J., Fitzgerald, R. C., Stratton, M. R. & Rahbari, R., sep. 2021, In: Nature. 597, 7876, blz. 381-386 6 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

185 Citaten (Scopus)

2020

An organoid biobank for childhood kidney cancers that captures disease and tissue heterogeneity

Calandrini, C., Schutgens, F., Oka, R., Margaritis, T., Candelli, T., Mathijsen, L., Ammerlaan, C., van Ineveld, R. L., Derakhshan, S., de Haan, S., Dolman, E., Lijnzaad, P., Custers, L., Begthel, H., Kerstens, H. H. D., Visser, L. L., Rookmaaker, M., Verhaar, M., Tytgat, G. A. M. & Kemmeren, P. & 11 anderen, de Krijger, R. R., Al-Saadi, R., Pritchard-Jones, K., Kool, M., Rios, A. C., van den Heuvel-Eibrink, M. M., Molenaar, J. J., van Boxtel, R., Holstege, F. C. P., Clevers, H. & Drost, J., 11 mrt. 2020, In: Nature communications. 11, 1, blz. 1310 1310.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

213 Citaten (Scopus)

CRISPR-Based Adenine Editors Correct Nonsense Mutations in a Cystic Fibrosis Organoid Biobank

Geurts, M. H., de Poel, E., Amatngalim, G. D., Oka, R., Meijers, F. M., Kruisselbrink, E., van Mourik, P., Berkers, G., de Winter-de Groot, K. M., Michel, S., Muilwijk, D., Aalbers, B. L., Mullenders, J., Boj, S. F., Suen, S. W. F., Brunsveld, J. E., Janssens, H. M., Mall, M. A., Graeber, S. Y. & van Boxtel, R. & 3 anderen, van der Ent, C. K., Beekman, J. M. & Clevers, H., 2 apr. 2020, In: Cell stem cell. 26, 4, blz. 503-510.e7

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

163 Citaten (Scopus)

Mutation accumulation and developmental lineages in normal and Down syndrome human fetal haematopoiesis

Hasaart, K. A. L., Manders, F., van der Hoorn, M.-L., Verheul, M., Poplonski, T., Kuijk, E., de Sousa Lopes, S. M. C. & van Boxtel, R., 31 jul. 2020, In: Scientific Reports. 10, 1, blz. 12991 12991.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

21 Citaten (Scopus)

Mutational landscape and patterns of clonal evolution in relapsed pediatric acute lymphoblastic leukemia

Waanders, E., Gu, Z., Dobson, S. M., Antić, Ž., Crawford, J. C., Ma, X., Edmonson, M. N., Payne-Turner, D., van de Vorst, M., Jongmans, M. C. J., McGuire, I., Zhou, X., Wang, J., Shi, L., Pounds, S., Pei, D., Cheng, C., Song, G., Fan, Y. & Shao, Y. & 23 anderen, Rusch, M., McCastlain, K., Yu, J., van Boxtel, R., Blokzijl, F., Iacobucci, I., Roberts, K. G., Wen, J., Wu, G., Ma, J., Easton, J., Neale, G., Olsen, S. R., Nichols, K. E., Pui, C.-H., Zhang, J., Evans, W. E., Relling, M. V., Yang, J. J., Thomas, P. G., Dick, J. E., Kuiper, R. & Mullighan, C. G., jul. 2020, In: Blood cancer discovery. 1, 1, blz. 96-111 16 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

Mutational signature in colorectal cancer caused by genotoxic pks+ E. coli

Genomics England Research Consortium, apr. 2020, In: Nature. 580, 7802, blz. 269-273 5 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

721 Citaten (Scopus)

Prime editing for functional repair in patient-derived disease models

Schene, I. F., Joore, I. P., Oka, R., Mokry, M., van Vugt, A. H. M., van Boxtel, R., van der Doef, H. P. J., van der Laan, L. J. W., Verstegen, M. M. A., van Hasselt, P. M., Nieuwenhuis, E. E. S. & Fuchs, S. A., 23 okt. 2020, In: Nature communications. 11, 1, blz. 5352 5352.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

149 Citaten (Scopus)

The mutational impact of culturing human pluripotent and adult stem cells

Kuijk, E., Jager, M., van der Roest, B., Locati, M. D., Van Hoeck, A., Korzelius, J., Janssen, R., Besselink, N., Boymans, S., van Boxtel, R. & Cuppen, E., 19 mei 2020, In: Nature communications. 11, 1, blz. 2493 2493.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

75 Citaten (Scopus)

2019

Characterizing Mutational Load and Clonal Composition of Human Blood

Huber, A. R., Manders, F., Oka, R. & van Boxtel, R., 11 jul. 2019, In: Journal of visualized experiments : JoVE. 2019, 149, e59846.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

6 Citaten (Scopus)

Deficiency of nucleotide excision repair is associated with mutational signature observed in cancer

Jager, M., Blokzijl, F., Kuijk, E., Bertl, J., Vougioukalaki, M., Janssen, R., Besselink, N., Boymans, S., de Ligt, J., Pedersen, J. S., Hoeijmakers, J., Pothof, J., van Boxtel, R. & Cuppen, E., jul. 2019, In: Genome research. 29, 7, blz. 1067-1077 11 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

58 Citaten (Scopus)

Early divergence of mutational processes in human fetal tissues

Kuijk, E., Blokzijl, F., Jager, M., Besselink, N., Boymans, S., Chuva de Sousa Lopes, S. M., van Boxtel, R. & Cuppen, E., mei 2019, In: Science advances. 5, 5, blz. eaaw1271 eaaw1271.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

24 Citaten (Scopus)

Oral mucosal organoids as a potential platform for personalized cancer therapy

Driehuis, E., Kolders, S., Spelier, S., Lõhmussaar, K., Willems, S. M., Devriese, L. A., de Bree, R., de Ruiter, E. J., Korving, J., Begthel, H., van Es, J. H., Geurts, V., He, G. W., van Jaarsveld, R. H., Oka, R., Muraro, M. J., Vivié, J., Zandvliet, M. M. J. M., Hendrickx, A. P. A. & Iakobachvili, N. & 8 anderen, Sridevi, P., Kranenburg, O., van Boxtel, R., Kops, G. J. P. L., Tuveson, D. A., Peters, P. J., van Oudenaarden, A. & Clevers, H., jul. 2019, In: Cancer Discovery. 9, 7, blz. 852-871 20 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

281 Citaten (Scopus)

Probing the Tumor Suppressor Function of BAP1 in CRISPR-Engineered Human Liver Organoids

Artegiani, B., van Voorthuijsen, L., Lindeboom, R. G. H., Seinstra, D., Heo, I., Tapia, P., López-Iglesias, C., Postrach, D., Dayton, T., Oka, R., Hu, H., van Boxtel, R., van Es, J. H., Offerhaus, J., Peters, P. J., van Rheenen, J., Vermeulen, M. & Clevers, H., 6 jun. 2019, In: Cell stem cell. 24, 6, blz. 927-943.e6

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

162 Citaten (Scopus)

Transcriptomic and Epigenomic Profiling of Histone Deacetylase Inhibitor Treatment Reveals Distinct Gene Regulation Profiles Leading to Impaired Neutrophil Development

Govers, A. M. A. P., Wiggers, C. R. M., van Boxtel, R., Mokry, M., Nieuwenhuis, E. E. S., Creyghton, M. P., Bartels, M. & Coffer, P. J., aug. 2019, In: HemaSphere. 3, 4, blz. e270 e270.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

6 Citaten (Scopus)

Tubuloids derived from human adult kidney and urine for personalized disease modeling

Schutgens, F., Rookmaaker, M. B., Margaritis, T., Rios, A., Ammerlaan, C., Jansen, J., Gijzen, L., Vormann, M., Vonk, A., Viveen, M., Yengej, F. Y., Derakhshan, S., de Winter-de Groot, K. M., Artegiani, B., van Boxtel, R., Cuppen, E., Hendrickx, A. P. A., van den Heuvel-Eibrink, M. M., Heitzer, E. & Lanz, H. & 7 anderen, Beekman, J., Murk, J.-L., Masereeuw, R., Holstege, F., Drost, J., Verhaar, M. C. & Clevers, H., mrt. 2019, In: Nature biotechnology. 37, 3, blz. 303-313 11 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

326 Citaten (Scopus)

2018

A Living Biobank of Breast Cancer Organoids Captures Disease Heterogeneity

Sachs, N., de Ligt, J., Kopper, O., Gogola, E., Bounova, G., Weeber, F., Balgobind, A. V., Wind, K., Gracanin, A., Begthel, H., Korving, J., van Boxtel, R., Duarte, A. A., Lelieveld, D., van Hoeck, A., Ernst, R. F., Blokzijl, F., Nijman, I. J., Hoogstraat, M. & van de Ven, M. & 11 anderen, Egan, D. A., Zinzalla, V., Moll, J., Boj, S. F., Voest, E. E., Wessels, L., van Diest, P. J., Rottenberg, S., Vries, R. G. J., Cuppen, E. & Clevers, H., 11 jan. 2018, In: Cell. 172, 1-2, blz. 373-386.e10

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

1342 Citaten (Scopus)

Measuring mutation accumulation in single human adult stem cells by whole-genome sequencing of organoid cultures

Jager, M., Blokzijl, F., Sasselli, V., Boymans, S., Janssen, R., Besselink, N., Clevers, H., Van Boxtel, R. & Cuppen, E., 1 jan. 2018, In: Nature Protocols. 13, 1, blz. 59-78 20 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

51 Citaten (Scopus)

Megakaryocyte lineage development is controlled by modulation of protein acetylation

Bartels, M., Govers, A., Polak, R., Vervoort, S., Van Boxtel, R., Pals, C., Bierings, M., Van Solinge, W., Egberts, T., Nieuwenhuis, E., Mokry, M. & Coffer, P. J., apr. 2018, In: PLoS ONE. 13, 4, e0196400.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

5 Citaten (Scopus)

MutationalPatterns: Comprehensive genome-wide analysis of mutational processes

Blokzijl, F., Janssen, R., van Boxtel, R. & Cuppen, E., 2018, In: Genome Medicine. 10, 1, 33.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

438 Citaten (Scopus)

Somatic Mutations Reveal Lineage Relationships and Age-Related Mutagenesis in Human Hematopoiesis

Osorio, F. G., Rosendahl Huber, A., Oka, R., Verheul, M., Patel, S. H., Hasaart, K., de la Fonteijne, L., Varela, I., Camargo, F. D. & van Boxtel, R., 27 nov. 2018, In: Cell reports. 25, 9, blz. 2308-2316.e4

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

166 Citaten (Scopus)

STAT5 is essential for IL-7-mediated viability, growth, and proliferation of T-cell acute lymphoblastic leukemia cells

Ribeiro, D., Melão, A., Van Boxtel, R., Santos, C. I., Silva, A., Silva, M. C., Cardoso, B. A., Coffer, P. J. & Barata, J. T., 11 sep. 2018, In: Blood Advances. 2, 17, blz. 2199-2213 15 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

66 Citaten (Scopus)

2017

Genetic dissection of colorectal cancer progression by orthotopic transplantation of engineered cancer organoids

Fumagalli, A., Drost, J., Suijkerbuijk, S. J. E., van Boxtel, R., de Ligt, J., Offerhaus, G. J., Begthel, H., Beerling, E., Tan, E. H., Sansom, O. J., Cuppen, E., Clevers, H. & van Rheenen, J., 21 mrt. 2017, In: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 114, 12, blz. E2357-E2364

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

204 Citaten (Scopus)

Troy/TNFRSF19 marks epithelial progenitor cells during mouse kidney development that continue to contribute to turnover in adult kidney

Schutgens, F., Rookmaaker, M. B., Blokzijl, F., Van Boxtel, R., Vries, R., Cuppen, E., Verhaar, M. C. & Clevers, H., 26 dec. 2017, In: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 114, 52, blz. E11190-E11198

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

20 Citaten (Scopus)

Use of CRISPR-modified human stem cell organoids to study the origin of mutational signatures in cancer

Drost, J., van Boxtel, R., Blokzijl, F., Mizutani, T., Sasaki, N., Sasselli, V., de Ligt, J., Behjati, S., Grolleman, J. E., van Wezel, T., Nik-Zainal, S., Kuiper, R. P., Cuppen, E. & Clevers, H., 13 okt. 2017, In: Science. 358, 6360, blz. 234-238 5 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

324 Citaten (Scopus)

2016

Deficiency or inhibition of lysophosphatidic acid receptor 1 protects against hyperoxia-induced lung injury in neonatal rats

Chen, X., Walther, F. J., van Boxtel, R., Laghmani, E. H., Sengers, R. M. A., Folkerts, G., Deruiter, M. C., Cuppen, E. & Wagenaar, G. T. M., 1 mrt. 2016, In: Acta Physiologica. 216, 3, blz. 358-375 18 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

20 Citaten (Scopus)

The role of the dopamine D1 receptor in social cognition: Studies using a novel genetic rat model

Homberg, J. R., Olivier, J. D. A., VandenBroeke, M., Youn, J., Ellenbroek, A. K., Karel, P., Shan, L., Van Boxtel, R., Ooms, S., Balemans, M., Langedijk, J., Muller, M., Vriend, G., Cools, A. R., Cuppen, E. & Ellenbroek, B. A., 1 okt. 2016, In: DMM Disease Models and Mechanisms. 9, 10, blz. 1147-1158 12 blz.

Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › Artikel › peer review

Open Access

41 Citaten (Scopus)

Ruben van Boxtel

Onderzoeksoutput

Zoekresultaten